للعلم الشيخ خاتم زوجته أعجمية شيعية واولاده سليمان ومذكور شيعة وقد استعجم اولادهم الآن واندمجوا فى المجتمع الايرانى .
كما أن له زوجة من آل بن حجر واولادها كل من الشيخ كنعان والشيخ سيف وهم على مذهب السنة ..
والشيخ خاتم أوصى بعد وفاته أن يغسله عالم سنى وقد غسّله رحمه الله الملا محمد بن عبدالله بن ابراهيم من ملالية ميلوه وكان قاضيا فى الطاهرية رحمه الله تعالى.